一九九一年，在神的帶領及香港華人基督會的差傳事工委員會的協助與推動下，基愛堂終於在一九九二年四月廿六日舉行成立感恩敬拜，當時基督會聘請了盧志明先生(基層福音宣教士)與工業福音團契合作，在九龍灣德寶花園建立工人中心，其目標是向香港的工人傳福音，並為他們提供合適他們的敬拜生活及活動。當時為配合工人們的需要，敬拜是在禮拜六晚上舉行，禮拜日則安排一些特別節目及聯誼活動(如行山、打羽毛等)，作福音預工。
一年後，由於工業福音團契將要出售該物業，因而結束了彼此合作關係。在神的安排下基愛堂遷址到新蒲崗崇齡街的威信樓繼續工人中心的工作、照常街頭佈道、派發福音單張及週六敬拜的聚會。到了一九九五年，在人數增長下，地方不敷應用，我們決定搬遷。神為我們預備了新蒲崗爵祿街32-34號2樓一個近千平方呎的地方，而且租金合理。到了一九九六年中，傳道同工古學賢先生被派到基愛堂。因為有了資深了傳道同工及在弟兄姊妹靈命需要下，基愛堂展開了基愛學堂(主日學)的事工，會友們得到更多的聖經教導及牧養。其後又蒙古廖玉明教士的幫助，我們開始了兒童事工–兒童天地(兒童敬拜及主日學)。在同年中期，盧志明先生在神的帶領下有了新的事奉方向，所以離開我們這個大家庭。
一九九七年，我們把基層人士的目標鎖定為新來港人士及職業司機，因此我們與基督教勵行會合辦新來港人士求職錦囊、新來港學童適應課程及新來港學童延伸課程。同時我們也與職業司機團契合作。蒙神恩典的引領，古先生及各事奉人員的努力，青少年團契也在同時推展，參加基愛堂敬拜及青少年團契的人數慢慢地增長。公元二千年，神應允了我們三年來不斷的禱告，本堂聘得女傳道人馮潔嫦姑娘協助牧養，她不單使我們的姊妹得到更佳的關顧，更配合古先生的探訪工作，亦同時使我們的聖經教導及真理裝備上更有效率地作好裝備。
隨着人數的增長及福音工作的發展，在新蒲崗所租用的地方很快又不敷應用了。我們花了一整年的祈禱及找尋合適的地方；二零零零年底，神就帶領我們來到深水埗大埔道金山樓的堂址，實用面積近二千五百呎，更奇妙的是根據當時香港政府人口分佈統計，深水埗區是居住了最多新來港人士的，而且這裡也有多個的士司機的聚腳點，以上的各點都完全符合了我們向神所求及所定的方向。
二零零一年四月一日起，基愛堂由香港華人基督會的差傳事工委員會屬下的差傳點，轉變為香港華人基督會屬下的分堂。古學賢先生得到基愛堂及香港華人基督會各長執與牧者的認同及肯定，在二零零一年七月十五日被按立為牧師，更見證本會眾人對他牧養基愛堂群羊的果效。
隨着青年敬拜及主日敬拜的人數持續上升，各小組的組員都有很強的內聚力。基愛堂正穩步發展之際，二零零五年初，馮姑娘在神的帶領下離開了我們繼續進修裝備。由於她的離去卻激發了弟兄姊妹在傳福音、領人歸主、個人靈修生活及見證上更多走一步，這全是神的恩典及作為。
二零零六年，我們透過講壇信息、小組牧養及基愛學堂的教導鼓勵，使弟兄姊妹的屬靈生命更成熟及更有傳福音的心志。我們着意裝備、培訓有心志及願意付出時間的肢體，栽培他們能成為信徒領袖。
二零零八年，隨著青少年、大專及職青事工的發展，古倩儀姑娘加入了基愛堂的大家庭並專注於發展青少年工作。
因著在二零一零年，金山樓租約到期，業主把物業出售，所以我們未能繼續在金山樓聚會，但在神巧妙的安排下，我們把辦公室及小組聚會地點，搬遷到長沙灣的家家發大廈；主日敬拜、青少年敬拜及大專、職青敬拜及基愛學堂則租借了廠商會中學的禮堂及課室舉行，與此同時也展開了青少年校園福音工作，如午飯閒談時間，音樂班及話劇班等，在神大能的作為下，期間我們認識了一些在校的基督徒老師，在校長同意下，也展開了學校基督徒小組及祈禱會。
因長者路加小組的人數增長、又為着老弱及附近街坊的屬靈餵養及敬拜生活需要，二零一一年路加小組轉型為睦鄰敬拜。
古姑娘在家家發大廈發展起街坊的婦女工作及家長輕鬆茶座，透過不同的活動如家長講座、烹飪分享、見證分享、互相代禱……等將福音、神的愛及大能帶到她們當中。
兒童AWANA事工也於二零一二年開始展開，接觸了一些兒童及其家長。大專及職青的弟兄姊妹透過服侍本堂及街坊的兒童，實踐及回應對基督委身的愛。到了二零一五年七月後轉變為本堂的兒童天地小精兵及並在二零一九年九月起使用自設的SBEAM教材。
二零一五及二零一六年是則是很多轉變的時期，先是古學賢牧師及師母因著對神的領受，他們去到新的工場，培訓其他主內兄姊走上中國內地差傳之路。過了不久，神又按著祂的人心意帶領陳維哲傳道來到基愛堂服侍。因著各項資源的整合及讓各弟兄姊妹有更好平衡的敬拜及小組生活，參加大專及職青敬拜及睦鄰敬拜的肢體，分別先後落實一起參與主日敬拜。再者因廠商會中學通知因周未他們的地方不敷應用，所以在二零一六年至二零一七年新學年起未能繼續租予我們使用。為善用本堂址，經堂委會商議及執事會批核後，決定將其重新間隔，在二零一六年七月起以容納更多肢體作青少年敬拜及主日敬拜使用，讓肢體更有歸屬感。
本堂穩步發展，二零一八年初青少年敬拜正式轉為周六敬拜，並在陳傳道的領受下開展了男仕小組工作。到二零一八年中，我們的鄰舍業戶有所轉變，在主日未能再借出地方給我們的兒童天地使用，但蒙神賜福，我們能借用了循道衛理教會在我們鄰近的發祥大廈信望堂的舊址，一個更大的地方作兒童天地及其他大型聚會使用。
二零一九年，為了使本堂肢體有更美好的敬拜生活及更好學習聖經。我們轉換了講台的位置及坐位安排，讓弟兄姊妹在敬拜時更加專注及仰望神。我們也把基愛學堂延至主日下午舉行，讓弟肢體及同工在敬拜後有相聚彼此分享及代禱的時間。並且肢體在基愛學堂時有更充裕的時間學習及分享。
二零二零年的新冠肺炎疫情期間，因著政府的宗教場地限聚令安排，雖然我們未能舉行現場實體敬拜，但蒙神恩典，在同工及肢體的努力下，我們展開了網上直播及錄播的敬拜安排，讓未能出席的肢體可以透過網上參與敬拜。
我們預計二零二一年新冠肺炎疫情受控後，基愛堂的發展是充滿挑戰，但也是充滿神恩典的時間，讓我們一起以禱告承托著基愛堂，使我們在神裡繼續向前行。